A partir de la fundación de la CONAFOR, la atención de plagas y enfermedades forestales fue reorientada hacia las siguientes líneas de acción:

• Aplicación del concepto Salud y vitalidad de ecosistemas.
• Función de insectos y patógenos en el ecosistema.
• Causas subyacentes de la explosión poblacional de insectos.
• Aplicación de tecnología avanzada para diagnóstico y tratamiento fitosanitario.
• Atención creciente a plagas no nativas.
• Uso de sustancias orgánicas y control biológico.

Las principales plagas son atendidas por su importancia, tanto nacional como regional o local:

• Descortezadores
• Muérdago y plantas parásitas
• Defoliadores
• Barrenadores de meliáceas
• Insectos de conos y semillas
• Enfermedades vasculares
• Chupadores de savia
• Insectos y enfermedades de origen exótico